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臺日經濟海域問題根源為日本1996年單方面制定“有關專屬經濟海域及大陸礁層法”，從最南端的與那國島劃200海里經濟海域，把臺灣、馬祖都劃到其經濟海域。
依照這樣的劃法，臺灣如果從釣魚臺列嶼劃200海里經濟海域，日本的琉球也會整個被劃進來。由于日本的劃法不合理，臺灣和日本曾進行談判，日本政府雖讓步，但仍堅持“中線原則”處理，但此舉造成海域面積就在蘇澳外海，漁船只要從蘇澳出海，1個多小時就到日本經濟海域。
因此，臺灣在1998年實施“‘中華民國’專屬經濟海域及大陸礁層法”，因為“中線原則”對臺較不利，因此主張衡平原則，由雙方協商解決經濟海域問題。從1996年到去年為止，臺、日進行過14次漁業談判，但一直無法達成共識。
日本擅自擴張經濟海域后，其海上巡邏艦長期掛著寫有“此地是日本的領海要立即退出”的白帶警告標語，不時執行驅離漁船任務；臺灣漁船不論是捕漁、船只擱淺，還是救難船，都會遭查扣船并罰錢。有時一些無辜的臺灣漁船因潮流不慎網具漂進日本經濟海域，就被當成賊，連人帶船一起扣押，罰款約430萬日元，不久前又提高為1000萬元日元，一年所得也不夠罰的，漁民恐懼感更深了。（來源：香港大公報）
